На 7 юли през 1879 г. с Указ № 2 на княз Александър І Батенберг, веднага след назначаване на първото българско правителство след Освобождението с Указ № 1 от 5 юли, се създават митници и митнически пунктове за да се запазят интересите на княжеството. В документа пише: "Да се уреди нужното число митници и митарствени пунктове на южната граница на княжеството..." Постановява се облагането с мито на чуждестранните стоки и безмитен внос от Източна Румелия и Македония. "Да се пропущат без всяко мито местните произведения на Източна Румелия и Македония", гласи трета точка от княжеския указ. Създават се 17 митници, 9 митнически пункта и 34 митнически поста. През 1879 г. е утвърден и правилник за митниците наречен "Привременни наставления за митарствените учреждения на Българското княжество". Първият началник на отделението на митниците в София е Матей Попович.
По настояще българската митническа администрация е централизирана система. Агенция "Митници" е структурирана в Централно митническо управление и в митници Аерогара София, Бургас, Варна, Видин, Лом, Пловдив, Русе, Свиленград, Свищов, Столична и Югозападна.