20 години от ратифицирането от 38-ото Народно събрание на Меморандума за разбирателство за създаване на Национален фонд между правителството на Република България и Европейската комисия (ЕК), подписан на 7 декември 1998 г. в София, в сила от 26 февруари 1999 г. С ПМС 186/19 септември 2000 г. фондът се включва в Устройствения правилник на Министерство на финансите като Дирекция "Национален фонд". Той е централен съкровищен орган, отговорен за финансовото управление на средствата, предоставени на страната от ЕК (ФАР, ИСПА, САПАРД и др.) и на българските финансови ресурси от държавния бюджет и от други финансови източници, като съфинансиране на проектите и програмите по финансови меморандуми. С ПМС 104/17 май 2008 г. дирекцията е определена за сертифициращ орган по оперативните програми, съфинансирани със средства от Структурните фондове и Кохезионния фонд на Европейския съюз, за Разплащателен орган по Програма ИСПА/Кохезионен фонд, за звено, подпомагащо Националния ръководител, и за сертифициращ орган по инструмента "Шенген".