Празникът на академията е определен съгласно чл.3, ал. 2 от Правилника за устройството и дейността на ВМА, приет с ПМС 168/2 юли 2009 г. На този ден през 1891 г. влиза в сила Заповед 439 от 19 ноември 1891 г. на военния министър полк. Михаил Савов за създаване на Софийска обща гарнизонна болница. За първи началник е назначен д-р Георги Золотович, лекар на Военното училище, участвал в изготвянето на законопроекти за здравеопазването и един от основателите на Българския лекарски съюз. От 1 януари 1893 г. до края на 1918 г. тя съществува като Първа софийска дивизионна болница със 100 войнишки и 10 офицерски легла. По време на Балканската война (1912-1913) Първа софийска дивизионна болница работи като клон на Разпределителната болница в София. През 1946 г. се създава ново медицинско учреждение за военните чинове в София - Общовойскова поликлиника, която първоначално е самостоятелно лечебно учреждение, но от юли 1950 г. болницата и поликлиниката се обединяват в Общовойскова болница с поликлиника. През 1954 г. на базата на съществуващия от 1945 г. Общовойскови хигиенен институт в Овча купел се създава Научноизследователски военномедицински институт. На 12 август 1960 г. с Постановление 196 на Министерския съвет се създава Висш военномедицински институт (ВВМИ), който включва Научноизследователския военномедицински институт, Общоармейската болница и Отдела за военномедицинската подготовка към Медицинско управление при Министерство на народната отбрана. На 7 април 1989 г. с Указ 546 на Държавния съвет се създава Военномедицинска академия (ВМА) към Министерство на отбраната като единен лечебен и учебно-научен комплекс със задача да развива военномедицинската наука и да провежда обучение, специализация и усъвършенстване на военномедицинските кадри. Тогава тя обединява ВВМИ, Обединен авиомедицински научноизследователски институт, Военноморска болница - Варна, и Първа клинична болница "Д-р К. Хавезов" (Клинична база "Лозенец") в София.

В структурата на ВМА влизат пет многопрофилни болници за активно лечение в София, Пловдив, Варна, Плевен, Сливен, три болнични бази за рехабилитация и профилактика в Банкя, Хисар и Поморие, медицински пунктове в поделенията на Българската армия и специализирани звена.